Dari sebuah empayar yang luas, menguasai pulau-pulau sekitar Lingga, Batam dan Bintan (sekarang Provinsi Kepulauan Riau), menakluk separuh Semenanjung (termasuk Singapura) sampai kepulauan Natuna (sekarang dalam Provinsi Kepulauan Riau), meluaskan pemerintahan ke sebahagian kecil pantai timur Sumatera, pernah menakluk Jambi (sekarang Provinsi Jambi) dan Aru (sekarang di Sumatera Utara), Johor kini hanya tinggal 10 daerah merangkumi Johor Bahru, Kulaijaya, Pontian, Kluang, Kota Tinggi, Batu Pahat, Muar, Mersing, Segamat dan Ledang. Semuanya terletak hujung selatan tanah besar semenanjung, kini dalam wilayah Malaysia.
Dari sekian banyak sultan yang memerintah, sebahagian besarnya mangkat dan dimakamkan di kawasan-kawasan yang kini berada dalam wilayah Indonesia.
Usaha-usaha untuk menjejak kembali kegemilangan dan kebesaran kerajaan Kesultanan Melayu Johor masih dilakukan, baik oleh kalangan kerabat mahupun kalangan peminat sejarah sendiri. Saya pernah terbaca dalam satu artikel yang menyebut bahawa, bahan-bahan sejarah kebesaran kerajaan Johor masih banyak belum dibongkar. Sayang sekali usaha mendapatkannya bukanlah satu tugas yang mudah kerana kawasan yang dulunya bersatu, kini terpisah jadi tiga negara merdeka.
Di bawah ini saya senaraikan nama-nama Sultan dan Yang diPertuan bagi Negeri dan Jajahan Takluk Johor dari 1511 hingga 1824.
1. Sultan Mahmud Shah I (1511-1528)
Merupakan Sultan Melaka yang terakhir. Baginda meninggalkan Melaka setelah diserang Portugis lalu melarikan diri ke Pagoh, ke Pahang, dan Kepulauan Riau sebelum ke Kampar (sekarang dalam Provinsi Riau di daratan Sumatera, INDONESIA). Baginda mangkat di Kampar dikenali ssebagai "Marhum Kampar".
2. Sultan Alauddin Riayat Shah II (1528-1564)
Menggantikan ayahandanya sebagai Sultan Johor ke-2 adalah Sultan Alauddin Riayat Shah. Baginda membuka Pekan Tua / Kota Kara (sekarang termasuk dalam daerah Kota Tinggi, Johor) pada 1529. Johor mengumpul kekuatan dan menyerang Portugis di Melaka pada 1535 dan 1539 sebelum berdamai. Pada tahun 1540, Baginda membuka Johor Lama (sekarang dalam daerah Kota Tinggi) dan memindahkan pusat pemerintahan ke sana. Pada tahun 1564, Johor terlibat dalam peperangan mempertahankan Aru (sekarang dalam Provinsi Sumatera Utara, INDONESIA) dari ditawan kerajaan Acheh (sekarang Provinsi Acheh, INDONESIA). Sayangnya Johor kalah, Aru jatuh ke tangan Acheh dan Johor Lama turut musnah dibedil . Sultan Alauddin Riayat Shah II ditangkap, dibawa dan dibunuh di Acheh. Baginda digelar “Marhum Syahid di Acheh”.
3. Sultan Muzaffar Shah II (1564-1570)
Pusat pemerintahan berpindah ke Seluyut (dalam daerah Kota Tinggi sekarang) pada tahun 1565. Dendam kekalahan kepada Acheh diteruskan dengan menjalin kerjasama dengan Portugis. Pada tahun 1568, baginda menghantar tentera membantu Portugis sekaligus mengundang kemarahan Acheh. Pada tahun 1570, baginda mangkat di Seluyut disebut "Marhum Mangkat di Seluyut".
4. Sultan Abd. Jalil Shah I (1570 - 1571)
Sultan Abdul Jalil Shah I adalah anak kepada Sultan Muzaffar Shah II. Baginda ditabalkan sebagai Sultan ketika berusia 8 tahun melalui wasiat. Sultan Abdul Jalil Shah I mangkat tiba-tiba dipercayai mungkin diracun Bendahara Tun Isap Misai (pembesar sultan). Baginda dimakamkan di Seluyut.
5. Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II (1570 / 71-1597)
Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II berasal dari Pahang, suami kepada Raja Fatimah (adik Sultan Muzaffar Shah II, bapa kepada Sultan Abdul Jalil Shah I). Tun Seri Lanang dilantik sebagai Bendahara. Pada tahun 1571 Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II berpindah ke Tanah Putih (sekarang dalam daerah Kota Tinggi) selama dua tahun. Pada tahun 1573, pemerintahan Johor berpindah sekali lagi ke Johor Lama. Waktu itu Johor mengambil sikap bersahabat dengan Acheh untuk bergabung melawan Portugis. Pada tahun 1576 dan 1578 Portugis menyerang Johor Lama tetapi gagal. Januari 1573, Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II menyerang Portugis dan hampir dapat menawan semula Melaka. Pada tahun 21 Julai 1587, angkatan Portugis yang diketuai Antonio de Noronha ke membedil Johor Lama dan merampas harta. Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II berundur ke Batu Sawar (sekarang dalam daerah Kota Tinggi) pada tahun 1587. Pada tahun 1589, Batu Sawar diserang dan Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II melarikan diri. Apabila Portugis balik ke Melaka, Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah datang semula ke Batu Sawar memulihkan semula kekuatan. Pada tahun 1596, Raja Fatimah mangkat, dan dikebumikan di Seluyut bersebelahan anaknya Sultan Abdul Jalil Shah I dan abangnya Sultan Muzaffar Shah II. Pada tahun 1597, Sultan Ali Jalla Abdul Jalil Shah II mangkat di Batu Sawar dan disebut "Marhum Batu Sawar".
6. Sultan Alauddin Riayat Shah III (1597-1615)
Sultan Alauddin Riayat Shah III (anakanda Sultan Ali Jalla Abdul Jalil) bersemayam di Batu Sawar. baginda mengadakan hubungan baik dengan Belanda serta membenarkan Belanda meletakkan pegawainya di Batu Sawar. Pada tahun 1608 Sultan Alauddin Riayat Shah III berpindah ke Pasir Raja, tetapi Batu Sawar masih berfungsi sebagai pusat pemerintahan. Pada tahun 1610, Sultan Alauddin Riayat Shah III berbaik dengan Portugis. Hubungan baik Johor – Belanda - Portugis telah menimbulkan kemarahan Acheh yang sebelum ini pernah menjalinkan kerjasama dengan Johor. Pada Jun 1613, Acheh menyerang Johor. Perang Acheh-Johor berlarutan selama dua bulan namun Johor tewas. Sultan Alauddin Riayat Shah III, Raja Abdullah, Tun Seri Lanang, para pembesar dan puluh orang Belanda ditawan serta dibawa ke Acheh. Kemudian kedua-dua belah pihak membuat perdamaian. Sultan Alauddin Riayat Shah III bersama tahanan dibenarkan pulang ke Johor. Ketika di Johor, Sultan Alauddin Riayat Shah III meneruskan kembali hubungan dengan Portugis dan Belanda, tindakan ini sekali lagi menimbulkan kemarahan Acheh lalu Sultan Alauddin Riayat Shah III ditangkap dan dibawa ke Acheh. Pada 1615, Sultan Alauddin Riayat Shah III dihukum bunuh dan mangkat di Acheh.
7. Sultan Abdullah Ma'ayat Shah (1615-1623)
Sultan Acheh seterusnya melantik Sultan Abdullah Ma'ayat Shah sebagai Sultan Johor ke-7 yang bersemayam di Batu Sawar. Pada tahun 1618, Baginda memindahkan peperintahan ke Daik, Lingga. Ketika ini, Johor sekali lagi tidak mahu tunduk kepada Acheh dengan meminta bantuan Belanda. Pada tahun 1623, Acheh menyerang Pulau Lingga untuk memburu Sultan Abdullah Ma’ayat Shah dan Raja Bujang (anak Sultan Alauddin Riayat Shah III). Sultan dan Raja Bujang bersama-sama melarikan diri ke Pulau Tambelan (sebuah pulau tak jauh dari Kalimantan Barat tapi termasuk dalam Provinsi Kepulauan Riau, INDONESIA). Baginda mangkat di Pulau Tambelan dan disebut "Marhum Pulau Tambelan".
8. Sultan Abdul Jalil Shah III / Raja Bujang (1623-1677)
Sultan Abdul Jalil Shah III merupakan anak saudara Marhum Pulau Tambelan, putera Sultan Alauddin Riayat Shah III. Baginda diangkat menjadi Sultan Johor ke-8 yang memerintah dari Pulau Tambelan. Pada tahun 1629, ancaman dari Kerajaan Acheh berkurangan setelah Acheh kalah diserang Portugis. Kekalahan itu menyebabkan Acheh hilang kuasa ke atas Pahang. Pahang kemudiannya menjadi jajahan takluk Kerajaan Johor yang baharu. Pada 14 Januari 1640, pakatan Johor-Belanda berjaya menghalau keluar Portugis dari Melaka. Malangnya kekuasan ke atas Melaka tidak jatuh ke tangan Johor Melaka sebaliknya menjadi negeri jajahan Belanda secara rasmi pada 1641. Sultan Abdul Jalil Shah III seterusnya memindahkan pusat pemerintahan Johor dari Pulau Tambelan ke Makam Tauhid (sekarang dalam daerah Kota Tinggi) sebelum berpindah semula ke Batu Sawar pada bulan Oktober 1642. Pada tahun 1673, Johor berperangan dengan Jambi (sekarang Provinsi Jambi) yang mahu memerdekakan diri. Akibat peprangan itu, Sultan Johor melarikan diri ke Pahang dan bersemayam di Pahang selama empat tahun dan mangkat di Kuala Pahang. Baginda juga dikenali sebagai 'Marhum Mangkat di Pahang @ Marhum Besar".
9. Sultan Ibrahim Shah (1677-1685)
Sultan Ibrahim Shah, anak kepada Marhum Mangkat di Pahang dilantik sebagai Sultan Johor yang ke-9 pada tahun 1677. Pada tahun 1678, Sultan Ibrahim Shah keluar dari Pahang dan cuba membangun semula Johor Lama tetapi gagal lalu memindahkan pemerintahan Johor ke Sungai Carang (sekarang di Pulau Bintan, dalam Provinsi Kepulauan Riau, INDONESIA). Ketika pemerintahan baginda, wilayah Johor diperluaskan hingga ke Terempa (sekarang Kepulauan Anambas, INDONESIA) dan menawan semula jajahan Jambi pada tahun 1685. Sultan Ibrahim Shah mangkat di Pulau Riau pada tahun yang sama dan digelar 'Marhum Bongsu".
10. Sultan Mahmud Shah II / Sultan Mahmud Mangkat Di Julang (1685-1699)
Sultan Mahmud Shah II ditabalkan menjadi sultan ketika berumur 10 tahun. Pusat pemerintahan berpindah lagi dari Pulau Riau ke petempatan baharu yang dibina di suatu tebing tinggi di Sungai Johor yang kemudian dinamakan Kota Tinggi. Kerana usia baginda yang masih kecil, urusan pentadbiran dijalankan oleh Bendahara. Sultan Mahmud Shah II dikatakan seorang sultan yang zalim. Pada tahun 1699, Sultan Mahmud Shah II mangkat dalam usia 24 tahun, dipercayai ditikam oleh Megat Seri Rama (Laksamana Bentan), seorang laksamana Kerajaan Johor yang berasal dari Bentan, (sekarang Pulau Bintan, Provinsi Kepulauan Riau, INDONESIA). Baginda dibunuh di atas julang dalam perjalanan ke masjid untuk bersembahyang Jumaat dan disebut "Marhum Mangkat Di Julang" atau "Marhum Kota Tinggi".
11. Sultan Abdul Jalil IV / Bendahara Paduka Raja Tun Abdul Jalil (1699-1720)
Bendahara paduka Tun Abdul Jalil ditabalkan sebagai Sultan Johor ke-11 kerana Sultan Mahmud Shah II tidak meninggalkan waris. Baginda digelar Sultan Abdul Jalil IV, sultan pertama dari keturunan Bendahara. Selepas bergelar Sultan, baginda memindahkan pusat pemerintahan ke Panchor (sekarang dalam daerah Kota Tinggi) pada tahun 1700. Pada tahun 1708, Sultan Abdul Jalil IV memindahkan pusat pemerintahan Johor sekali lagi ke Pulau Riau dan kembali lagi ke Panchor 1716. Pada tahun 1717, Raja Kecil dari Siak (sekarang dalam Provinsi Riau) menyerang Johor demi menuntut tahta kerajaan dengan mengaku baginda adalah anak Sultan Mahmud Mangkat Di Julang. Raja Siak akhirnya berjaya merebut tahta pemerintahan dengan bantuan para pembesar Johor yang percaya baginda adalah waris Sultan Mahmud yang sah. Pada tahun 1719, cubaan merampas semula tahta Johor dilakukan oleh Sultan Abdul Jalil IV dan anaknya Raja Sulaiman malangnya tidak berjaya. Sultan Abdul Jalil IV akhirnya melarikan diri hingga akhirnya dibunuh di Kuala Pahang dan disebut "Marhum Mangkat di Kuala Pahang".
12. Sultan Abdul Jalil Rahmat Shah / Raja Kecil / Yang Dipertuan Johor ( 1718-1722)
Pada 21 Mac 1718, Raja Kecil berjaya menawan Panchor dan melantik dirinya sendiri sebagai Yang Dipertuan Johor dengan gelaran Sultan Abdul Jalil Rahmat Shah. Selepas menaiki tahta, Raja Kecil telah memindahkan pusat pentadbiran Johor sekali lagi ke Pulau Riau. Ketika itu, Raja Sulaiman, anak kepada Sultan Abdul Jalil IV dibawa ke Riau tetapi Raja Sulaiman tidak mahu tunduk kepada Raja Kecil. Raja Sulaiman akhirnya berpakat dengan Bugis Lima Bersaudara dan berjaya menghalau Raja Kecil balik ke Siak.
13. Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah / Raja Sulaiman / Yang Dipertuan Besar (1722-1760)
Raja Sulaiman ditabalkan sebagai Yang Dipertuan Besar oleh Bugis 5 Saudara dengan gelaran Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah. Baginda mengekalkan pusat pemerintahan di Riau (lokasi tepatnya di Tanjung Pinang, Bintan, Kepulauan Riau, INDONESIA). Dengan pemasyuran ini, tahta Kesultanan Johor jatuh semula ke tangan keturunan Bendahara. Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah kemudiannya melantik Daing Merewah (Kelana Jaya Putera) sebagai Yamtuan Muda Johor-Riau pertama di bawah naungan Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah. Seterusnya baginda menjalinkan hubungan dengan Belanda melalui Perjanjian 1754 & 1756 yang antara lain isinya memberi hak kepada Belanda memonopoli perdagangan timah di Linggi (sekarang dalam Negeri Sembilan), Kelang & Kuala Selangor (sekarang dalam Negeri Selangor). Sultan Sulaiman Badrul Alam Shah mangkat di Riau pada Ogos 1760 disebut "Marhum Batangan".
14. Sultan Abdul Jalil Muazzam Shah (1760-1761)
Sultan Abdul Jalil Muazzam Shah di Kuala Selangor dilantik sebagai sultan Johor ke-14 menggantikan ayahandanya. Bagaimanapun, pemerintahan Baginda tidak lama, lima bulan selepas kemangkatan ayahandanya, Baginda mangkat serta-merta dipercayai diracun. Baginda mangkat di Kuala Selangor dan dimakamkan di Riau, berhampiran makam ayahandanya.
15. Sultan Ahmad Riayat Shah (1761)
Sultan Ahmad Riayat Shah dilantik menggantikan ayahandanya ketika berusia sembilan tahun. Baginda bersemayam di Kampung Bulang, Riau (sekarang di Pulau Bintan, Kepulauan Riau, INDONESIA). Memandangkan usianya yang masih muda, kuasa pemerintahan Kerajaan Johor dipegang oleh Yamtuan Muda Daeng Kemboja (Yamtuan Muda ke-3). Sultan Ahmad Riayat Shah mangkat di Riau dalam usia yang muda dipercayai diracun dan disebut "Marhum Tengah".
16. Sultan Mahmud Shah III (1761-1812)
Selepas kemangkatan Sultan Ahmad Riayat Shah, Sultan Mahmud Shah anak kepada Sultan Abdul Jalil (Sultan Johor ke-12) ditabalkan menjadi Sultan Johor ke-16 dengan gelaran Sultan Mahmud Shah III. Ketika itu, baginda memindahkan pusat pemerintahan ke Daik, Lingga (sekarang dalam Provinsi Kepulauan Riau, INDONESIA) Ketika itu juga, pentadbiran kerajaan berpecah menjadi empat entiti iaitu Temenggung mentadbir Johor (dan Singapura), Yamtuan Muda di Riau, Bendahara di Pahang dan baginda sendiri sebagai Sultan memerintah di Lingga. Inilah permulaan istilah kerajaan Johor – Riau – Lingga dan Pahang yang dipakai sampai ke hari ini bagi merujuk sejarah Kesultanan Melayu yang muncul selepas Melaka - sebuah pemerintahan beraja yang terbentuk melalui gabungan 4 entiti berbeza di dalamnya. Sultan Mahmud Shah III mangkat di Lingga pada tahun 1812 tanpa menamakan pewaris.
17. Sultan Abdul Rahman Muazzam Shah (1812-1819)
Mengikut adat raja-raja Melayu, anak sulung biasanya dinamakan sebagai pengganti sesudah sultan terdahulu mangkat. Malangnya adat ini diketepikan dalam perlantikan Sultan Johor yang ke 17. Selepas kemangkatan Sultan Mahmud Shah III, Yamtuan Muda melantik Tengku Abdul Rahman sebagai sultan mengetepikan kekandanya Tengku Hussin. Perlantikan Sultan Abdul Rahman Muazzam Shah ini turut disokong kuat oleh Belanda untuk memudahkan mereka mendapat kuasa mentadbir pelabuhan seluruh negeri Johor kecuali Riau dan Lingga. Bagaimanapun, kekuasan baginda ke atas Kerajaan Johor tidak lama dengan kehadiran British, kuasa terbaharu yang hadir di kepulauan Melayu.
18. Sultan Hussain Shah / Tengku Husin / Tengku Long / (1819-1835)
Campurtangan British memberi peluang kepada Tengku Husin menjadi Sultan Johor ke-18. Baginda memindahkan pusat pemerintahan dari Lingga ke Singapura. Sayangnya, sebelum sempat tiba di Singapura, British melalui wakilnya, Raffles telah lebih dahulu menjalinkan hubungan dengan Temenggung untuk mendapatkan kebenaran membina loji dan meletakkan satu kompeni askarnya di Singapura. Permainan Inggeris dan Belanda menjadi satu sejarah buruk dalam kerajaan Johor. Kedua-dua Sultan Abdul Rahman dan Sultan Hussain yang menjadi Sultan Johor ke-17 dan 18 diperlakukan tak ubah bagai boneka mainan kedua-dua kuasa kafir tersebut. Kemuncaknya, pada 18 Mac 1824 telah termeterai satu perjanjian antara Inggeris dengan Belanda. Satu perjanjian yang membawa kepada kemusnahan salah satu Kerajaan Melayu selama lebih 300 tahun.
Perpecahan Kerajaan Johor ini menandakan musnahnya salah sebuah empayar Melayu yang hebat selain Acheh dan Patani yang pernah muncul selepas kejatuhan Melaka. Sejak perjanjian itu, Johor kehilangan kuasa ke atas Riau dan Lingga selain kehilangan Pahang yang mengistiharkan merdeka. Johor turut kehilangan Singapura setelah berlaku satu lagi perjanjian dengan Inggeris pada 2 Ogos 1824. Perjanjian itu antara lain menyerahkan kedaulatan Singapura dan pulau-pulau sekitarnya kepada Inggeris.