Nama ‘Johor’ berasal dari perkataan Arab, jauhar yang bermaksud batu permata. Sebelum nama Johor dipakai, kawasan dari selatan sungai Muar hingga ke Singapura dikenali sebagai Ujung Tanah diambil sempena lokasinya di penghujung sememanjung Tanah Melayu. Bukan sekadar itu, Johor juga merupakan penghujung paling selatan daratan Asia. Sejarah Johor moden bermula seawal abad ke-16 setelah pembukaan sebuah negeri baru oleh Sultan Johor, anak kepada Sultan Mahmud Shah, sultan terakhir kerajaan Melayu Melaka yang melarikan diri dari serangan Portugis.
Kerajaan Johor berjaya mengembangkan ekonominya dan menjadi kuasa politik terpenting sesuai dengan lokasinya di laluan perdagangan timur-barat. Di zaman kegemilangan Johor, negeri ini pernah menjadi sebuah empayar besar yang mana kekuasaannya mewarisi sebahagian jajahan takluk Melaka. Empayar Johor termasuklah sampai ke Terengganu di semenanjung, kepulauan Riau-Lingga dan sebahagian pantai timur Sumatera. Bagaimanapun, Johor gagal membebaskan Melaka biarpun telah berperang dengan Portugis selama 130 tahun sepanjang penjajah itu menguasai Selat Melaka.
Sejarah Johor sejak penghujung tahun 1500an hingga penghujung 1600an banyak diwarnai dengan pelbagai cabaran dalam mengekalkan kuasa politik dan ekonominya di rantau ini. Ia berhadapan dengan kebangkitan Acheh di utara Sumatera dan kuasa penjajah Portugis di Melaka. Tidak setakat itu, Johor juga menghadapi tentangan dari dalam negeri apabila kekuasaannya di Sumatera sering dicabar.
Dalam menghadapi Portugis di Melaka, Johor pernah berkerjasama dengan beberapa buah negeri Melayu dan kuasa baru Belanda yang mula menaruh minat bertapak di Nusantara. Pada tahun 1641, Johor dengan bantuan Belanda telah berjaya membebaskan Melaka dari Portugis. Malangnya hasil tipu helah Belanda, Melaka beralih kuasa ke tangan penjajah baru itu, bukannya ke tangan orang Melayu. Pada tahun 1660, Johor berjaya menjadi pelabuhan yang disegani.
Pada tahun 1666 hingga tahun 1673 terjadi peperangan dalam negeri antara Johor dengan Jambi. Pada masa itu, Jambi yang merupakan jajahan takluk Johor sedaya upaya mahu memisahkan diri. Peranan Bugis mula digunakan ketika itu untuk menundukkan Jambi agar terus kekal dibawah takluk Johor.
Pada tahun 1812, selepas kemangkatan sultan Johor, Sultan Mahmud III yang memerintah Johor dari Lingga, Yam Tuan Riau yang merupakan wakil kerajaan Johor di Riau telah melantik Tengku Abdul Rahman sebagai Sultan Johor yang baru. Perlantikan ini tidak disenangi oleh kandanya Tengku Hussein kerana merasakan beliau labih layak memandangkan dia anak yang lebih tua. Keadaan ini menyebabkan sedikit kucar-kacir dalam pemerintahan Empayar Johor. Situasi ini merupakan saat keemasan bagi Inggeris dan Belanda untuk mengukuhkan lagi keberadaan mereka di rantau ini.
Pada tahun 1819, British melalui wakilnya Sir Stamford Raffles telah berjanji kepada Tengku Hussein untuk membantu mengembalikan tahta pemerintahan kepada beliau dengan syarat Tengku Hussein setuju menyerahkan Singapura kepada British. Belanda yang sejak lama telah menjalinkan hubungan baik dengan Johor merasakan keberadaannya terganggu dengan tindakan British itu. Bagaimanapun pertelingkahan Belanda-British ini berakhir bila kedua-dua kuasa itu menandatangani Perjanjian British-Belanda 1924. Perjanjian itu antara lain menyebut kedua-dua pihak mengaku kuasa Inggeris di Singapura dan Kuasa Belanda di selatannya.
Maka bermulanya sejarah baru negeri Johor yang kita kenali hingga ke hari ini. Biarpun dalam perjanjian asal, Tengku Hussein yang sepatut akan memerintah Johor, pemerintahan sebenar tetap dikuasai Temenggong sebagaimana sediakala. Malah pada tahun 1855, dibawah perjanjian British dengan Sultan Ali ketika itu, Pemerintahan Johor secara rasminya diserahkan ke tangan Temenggong Daing Ibrahim kecuali kawasan Kesang (Muar) yang hanya diserahkan pada tahun 1877. Temenggong Ibrahim selepas itu bertanggungjawab membuka Bandar Tanjung Puteri menggantikan Teluk Belanga sebagai ibu negeri Johor yang baru. Bandar itu kemudiannya dikenali dengan nama bandar Johor Bahru. Sekarang menjadi ibu negeri Johor hingga ke hari ini.
Kejayaan Temenggung Ibrahim diteruskan anaknya Temunggung Abu Bakar yang mendapat gelaran Sri Maharaja Johor. Pada tahun 1866, beliau kemudiannya dimartabatkan sebagai Sultan Johor (1864 – 1895). Sultan Abu Bakar bertanggungjawab memperkenalkan perlembagan dan menyusun sistem pentadbiran Johor yang lebih berkesan. Beliau juga bertanggungjawab membangunkan Istana Besar sebagai kediaman rasmi. Atas jasanya ini, beliau digelar Bapa Pembangunan Johor Moden. Namanya kini diabadikan pada sebuah menumen dikenali Monumen Sultan Abu Bakar yang dibina berhadapan laut setentang dengan bangunan mahkamah.
Permintaan tinggi terhadap lada hitam dan gambir pada abad ke 19 membawa kepada pembukaan ladang secara besar-besaran di Johor. Hal ini mendorong pengambilan besar-besaran imigran dari China dibawah sistem Kangchu. Sistem ini mula diperkenalkan pertama kalinya di Kangkar (kangchu) Tebrau pada tahun 1844. Selain itu, Imigran India juga dibawa masuk untuk dikerjakan di ladang-ladang getah melalui sistem Kangani yang mula dibuka pada abad ke 19. Sampai saat ini, Johor mejadi negeri pengeluar getah terbesar di Malaysia.
Sistem-sistem ini akhirnya dihentikan di penghujung abad ke 19 pada masa yang sama dengan pembukaan jalan keretapi menghubungkan Johor Bahru dengan Persekutuan Negeri-negeri Melayu yang terletak dibawah kekuasaan British pada tahun 1909.
Pada tahun 1914, melalui tipu daya British, negeri Johor yang ketika itu dikuasai Temenggung Ibrahim akhirnya dipaksa menerima seorang penasihat British dibawa “British Resident System”. Sejak itu bermulalah kekuasaan Inggeris di Negeri Johor secara langsung. Johor menjadi negeri Melayu terakhir yang tunduk ke tangan British. Kejayaan menguaasi Johor itu menjadi pelengkap kepada siri penjajahan kuasa-kuasa asing di negeri-negeri Melayu di Semenanjung termasuklah Siam yang menguasai Patani di Utara.
Ketika perang dunia ke-2, Johor Bahru menjadi bandar terakhir di Semenanjung Malaysia yang ditawan Jepun. Panglima perang Jepun, General Yamashita Tomoyuki selepas itu membuka pejabatnya di Bukit Serene dan memantau kejatuhan British di Singapura dari sana.
Pada tahun 1948, Johor menyertai Persekutuan Tanah Melayu yang kemudian mendapat kemerdekaan dari British pada 1957.